Prebiotica zijn onverteerbare voedingsvezels die ook voorkomen in groente, fruit en granen. Deze vezels stimuleren de groei en activiteit van bacteriën in ons verteringsgestel. In supplementen dienen ze als voeding voor probiotica. Via het spijsverteringstraject komen ze bij onze bacteriën, die de prebiotica opnemen. Hierdoor verhoogt het aantal actieve bacteriën wat de overlevingskans vergroot. Inuline en fructo-oligosacchariden (FOS) zijn vormen van prebiotica.
Bij een probiotica voor baby’s is deze toevoeging niet gewenst aangezien het lichaam nog niet ver genoeg ontwikkeld is.